Nei primi anni ’70 la vasta Parrocchia di Santo Nino, nel poverissimo quartiere di Tondo a Manila, venne divisa.
Da questa riorganizzazione sono nate altre due Parrocchie: Our Lady of Peace and Good Voyiage eSan Pablo Apostol (così chiamata in memoria della recente visita di Papa Paolo VI nelle Filippine.
La Parrocchia di San Paolo Apostolo, situata a ridosso del porto di Manila (precisamente a Magsaysay Village – Tondo) è stata formata prendendo una partedel territorio dalla Parrocchia di Santo Nino e una parte da quella di Don Bosco.
I primi sacerdoti furono Padre Bruno Piccolo e Padre Josefh Vancio; poi si susseguirono molti gruppi di preti del PIME fino al 1979, anno in cui sorse la seconda chiesa dedicata a San Paolo, nella zona chiamata Nepo-Velasquez (l’incrocio tra Nepomuceno Street e Velasquez Street).
La chiesa di Nepo fu costruita per volontà di Padre Gianluigi Colombo, parroco in quel periodo, e degli stessi abitanti di quella zona.
Dopo 10 anni di apostolato a Tondo, nel 1981 i Padri del Pime lasciarono la Parrocchia di San Paolo e al loro posto arrivarono i Padri irlandesi della Società di San Colombo.
I maggiori progetti messi in atto dai Padri Colombiani furono la Cooperativa per aiutare la gente a costruirsi una casa e la clinica gratuita per le persone povere.
Nel luglio del 1989 i Colombiani decisero di lasciare Tondo, lasciando il posto ai Canossiani Padre Stefano Arnone e Padre Giovanni Gentilin.
In questi anni è nato il progetto UNA MANO AIUTA L’ALTRA (Scholarship Program), per dare un aiuto, non solo economico, nell’educazione e nella formazione agli studenti delle scuole elementari, medie e superiori.
Attualmente il Parroco della Parrocchia di San Paolo Apostolo è Padre Giovanni Gentilin, coadiuvato da Padre Adriano e da Padre Henrique.